Al menos cuatro especies de aves del territorio del municipio de Ciudad Valles están extintas, de acuerdo a la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (Conabio).
Las cuatro especies que quedaron extintas son el carpintero de pechera común,
garrapatero pijuy, tecolote enano y el saltapared cola larga, que habitaban en esta localidad.
La Conabio también enlista 36 especies más en peligro de extinción en Ciudad Valles, entre ellas 15 aves, 8 mamíferos, 3 peces, 2 anfibios y 8 plantas.
También establece la dependencia, en su sitio "Mapa potencial de especies en riesgo de extinción en México", que en este municipio hay 78 especies amenazadas, entre aves, reptiles, anfibios, peces, plantas y mamíferos.